上文我们了解到ERP系统分析是ERP实施阶段的第一个步骤，就是把可能存在的问题尽量找出来。在ERP系统上线的时候，有点类似于让一架载有300名乘客的大飞机在恶劣的气候环境下进行着陆。飞机着陆的第一个目标是让飞机对准跑道，然后稳住，一旦着地要处理好因骤然减速所带来的冲击。如果在设计飞机的时候，设计人员没有从系统设计的角度解决好这些与飞机着陆相关的问题，那么要想平稳着陆就是很难的一件事情。那么对于ERP系统上线也是同样的道理，很多上线时可能会碰到的问题必须要在系统设计阶段解决掉。
在系统设计阶段，要决定如何对ERP系统设置，以及如何在企业运用这套系统。同时对于一些需要定制开发的程序，也要在系统设计阶段明确好开发标准。大家可能会问，在这个阶段结束以后，是不是对软件需求的把握、对业务流程的优化以及对ERP系统的设计会百分之百地完成呢？答案当然是不会。因为不管实施什么系统，完成实施工作所需的步骤以及所要求的信息，都很难按顺序一步到位。但是通过系统设计阶段，大家会首次对ERP系统在企业的运用达成一个较高层次的共识。
在系统设计阶段，ERP项目小组成员职责之一就是进行头脑风暴以及通过动手操作对ERP系统进行非正规的测试，同时也需要编外实施人员参与进来进行验证并提供反馈。在这个过程中，最初的设计观念会变化不定。很多时候，设计工作可能会前进两步，然后又后退三步，这些反反复复最终会导致一个最优的系统设计，企业最终也将得到一套最佳的ERP管理系统。
系统设计阶段的成果主要有两个：一是优化好的未来业务流程（TheTo-BeProcess），二是那些定制软件的开发标准。定制软件主要包括数据转换程序、软件接口，还有ERP二次开发的程序等等，这些软件开发工作都是很具挑战性的。
对于这些需要定制开发的软件，一旦把它们明确下来以后，就要根据它们的重要性、工作量大小以及在系统测试阶段的使用顺序，对这些开发工作排定好优先级。
